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clgui

Langue: en

Version: 254960 (debian - 07/07/09)

Section: 1 (Commandes utilisateur)

NAME

clgui - perform 3D interactive Quartet Tree Reconstruction on a distance matrix to produce a binary tree

SYNOPSIS

clgui [ distmatrix.clb ] [ treefile.dot ]

DESCRIPTION

clgui tries to find an optimal tree to represent a distance matrix calculated in realtime. It uses the Quartet Tree Reconstruction method. The program starts with a random tree, and continues to try small modifications to improve the tree score. Eventually, the tree will stop easily improving. Move the camera with the mouse and keyboard, or experiment with the w (wireframe) and other commands. Explore the 3D virtual space to understand the statistical relationships among your data.

Double clicking with both mouse buttons will reset the camera view.

clgui can calculate distance matrix files in realtime. If a large amount of data must be processed, it is better to precalculate the distance matrix. Input files for this program can be created by ncd (1). This provides a smoother and more convenient way to create a binary distance matrix file via the -b command line option.

When starting clgui, you can begin with a clean slate and no options. Or one may just specify a distance matrix filename on the command line when starting clgui. If you do not specify a name, it will look for a file called distmatrix.clb in the current directory and load it immediately if found. If you specify both a distance matrix and a tree file, then clgui will provide an interactive 3D display to explore the tree by moving, panning, and zooming the camera.

To create trees with more control, use the maketree command from the libqsearch package. For more information on the details of this algorithm, please see Clustering by Compression by Cilibrasi and Vitanyi in IEEE Trans. Information Theory, 51:4(2005) or at url http://xxx.lanl.gov/abs/cs.CV/031204

OPTIONS

There are no options for clgui yet.

FILES

$HOME/.complearn/complearn.conf
per-user configuration file, overrides systemwide default; see complearn(5) for further details.

ENVIRONMENT

none

DIAGNOSTICS

If any of the files cannot be read, an error will be printed and the program exits with a nonzero exit code.

SEE ALSO

complearn(5), ncd(1), maketree(1)
Chers frères, permettez-le, je tente de frêles revenentes self-référentes : bête pet de ver de terre en présence de ces gens relevés !

Dès l'entrée, bêtement tentée, je pense : "ce cercle, est-ce secte sévère, pente de terre gelée ? L'est-ce réellement ?" Cet effet est éphémère: le temps en est le remède. Eve, cervelle déréglée, enterre cette pensée née en enfer, ce péché, et décrète : "Je reste !"

Cent éphèbes, mecs, gentes belles, mégères (telle Clère elle-même !) et même pères respectés de l'événement, se démènent bellement ensemble. Le verbe, resserré en fers et en rets, est le serf de cette crème de gens ! L'essence secrète se révèle et me berce: elle recèle pêle-mêle le thème ferme, le bel élément, le vers léger et tendre, l'effet céleste, les rêves des elfes et des fées, l'encens, le cep vert espéré (bel emblème), les Grecs et les belles Hellènes en fête ! Certes, je m'en délecte (entremets, dessert ?).

Entre-temps, élève lente, je m'exerce, j'espère, je tente des effets. Embêtée, je végète (ère éternelle !), j'erre, je penche vers les extrêmes, je tremble et je m'énerve. "Eh ! Femelle de zèbre !" Je m'entête, redresse les vertèbres et serre les dents... J'égrène, mêle et renverse les lettres, je rejette des textes secs et ternes, je bêle trente vers, j'émets et je présente mes tests !

De respect, je verse - en rêve ! - sept cents sesterces, etc. ! Révérence !

Clère
(elle dresse ses tentes en cette blême Séléné)

-- Grivet, Claire