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# g_covar

Langue: en

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Version: 369874 (fedora - 01/12/10)

Section: 1 (Commandes utilisateur)

# Sommaire

## NAME

g_covar - calculates and diagonalizes the covariance matrix

VERSION 4.5

## SYNOPSIS

g_covar -f traj.xtc -s topol.tpr -n index.ndx -o eigenval.xvg -v eigenvec.trr -av average.pdb -l covar.log -ascii covar.dat -xpm covar.xpm -xpma covara.xpm -[no]h -[no]version -nice int -b time -e time -dt time -tu enum -xvg enum -[no]fit -[no]ref -[no]mwa -last int -[no]pbc

## DESCRIPTION

g_covar calculates and diagonalizes the (mass-weighted) covariance matrix. All structures are fitted to the structure in the structure file. When this is not a run input file periodicity will not be taken into account. When the fit and analysis groups are identical and the analysis is non mass-weighted, the fit will also be non mass-weighted.

The eigenvectors are written to a trajectory file ( -v). When the same atoms are used for the fit and the covariance analysis, the reference structure for the fit is written first with t=-1. The average (or reference when -ref is used) structure is written with t=0, the eigenvectors are written as frames with the eigenvector number as timestamp.

The eigenvectors can be analyzed with g_anaeig.

Option -ascii writes the whole covariance matrix to an ASCII file. The order of the elements is: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

Option -xpm writes the whole covariance matrix to an xpm file.

Option -xpma writes the atomic covariance matrix to an xpm file, i.e. for each atom pair the sum of the xx, yy and zz covariances is written.

## FILES

-f traj.xtc Input
Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt

-s topol.tpr Input
Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb

-n index.ndx Input, Opt.
Index file

-o eigenval.xvg Output
xvgr/xmgr file

-v eigenvec.trr Output
Full precision trajectory: trr trj cpt

-av average.pdb Output
Structure file: gro g96 pdb etc.

-l covar.log Output
Log file

-ascii covar.dat Output, Opt.
Generic data file

-xpm covar.xpm Output, Opt.
X PixMap compatible matrix file

-xpma covara.xpm Output, Opt.
X PixMap compatible matrix file

## OTHER OPTIONS

-[no]hno
Print help info and quit

-[no]versionno
Print version info and quit

-nice int 19
Set the nicelevel

-b time 0
First frame (ps) to read from trajectory

-e time 0
Last frame (ps) to read from trajectory

-dt time 0
Only use frame when t MOD dt = first time (ps)

-tu enum ps
Time unit:  fs ps ns us ms or  s

-xvg enum xmgrace
xvg plot formatting:  xmgrace xmgr or  none

-[no]fityes
Fit to a reference structure

-[no]refno
Use the deviation from the conformation in the structure file instead of from the average

-[no]mwano
Mass-weighted covariance analysis

-last int -1
Last eigenvector to write away (-1 is till the last)

-[no]pbcyes
Apply corrections for periodic boundary conditions

## SEE ALSO

gromacs(7)

More information about GROMACS is available at <http://www.gromacs.org/>.

Imaginez que Windows s'appelle soudainement MicroTech par exemple...
Il faut prévenir toutes les personnes qui connaissent l'ancien produit,
ce qui fait beaucoup de publicité pour rien et donc, beaucoup d'argent
perdu.
De plus, les gens perdront leur confiance en ce produit, demandant
alors chaque fois s'il s'agit de la même version, savoir quelles sont
les compatibilités du "nouveau" produit qui n'en est pas un et donc,
monopolise le support technique de la société pour rien...
Ensuite, il faut acheter tous les nouveaux noms de domaines, modifier
toutes les communications sur Internet parlant de l'ancien produit,
disant qu'ils parlent maintenant de MicroTech et non plus de Windows,
il faut changer les dizaines de millions de lignes de code dans les
DLL, les EXE et les sources pour que ca affiche le nom Microtech
au lieu de l'ancien nom Windows, il faut refaire de la publicité
extrême de zéro et perdre ainsi toutes ses années de travail
puisqu'une personne qui voit une affiche Microtech dans la rue,
ne se dira pas qu'il s'agit de Windows nouvelle marque.
-- Jayce - Les changements de noms, ca pu><e --