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g_genrestr

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Version: 371115 (fedora - 01/12/10)

Section: 1 (Commandes utilisateur)

NAME

genrestr - generates position restraints or distance restraints for index groups

VERSION 4.5

SYNOPSIS

genrestr -f conf.gro -n index.ndx -o posre.itp -of freeze.ndx -[no]h -[no]version -nice int -fc vector -freeze real -[no]disre -disre_dist real -disre_frac real -disre_up2 real -cutoff real -[no]constr

DESCRIPTION

genrestr produces an include file for a topology containing a list of atom numbers and three force constants for the X, Y and Z direction. A single isotropic force constant may be given on the command line instead of three components.

WARNING: position restraints only work for the one molecule at a time. Position restraints are interactions within molecules, therefore they should be included within the correct [ moleculetype ] block in the topology. Since the atom numbers in every moleculetype in the topology start at 1 and the numbers in the input file for genpr number consecutively from 1, genpr will only produce a useful file for the first molecule.

The -of option produces an index file that can be used for freezing atoms. In this case the input file must be a pdb file.

With the -disre option half a matrix of distance restraints is generated instead of position restraints. With this matrix, that one typically would apply to C-alpha atoms in a protein, one can maintain the overall conformation of a protein without tieing it to a specific position (as with position restraints).

FILES

-f conf.gro Input
 Structure file: gro g96 pdb tpr etc. 

-n index.ndx Input, Opt.
 Index file 

-o posre.itp Output
 Include file for topology 

-of freeze.ndx Output, Opt.
 Index file 

OTHER OPTIONS

-[no]hno
 Print help info and quit

-[no]versionno
 Print version info and quit

-nice int 0
 Set the nicelevel

-fc vector 1000 1000 1000
 force constants (kJ mol-1 nm-2)

-freeze real 0
 if the -of option or this one is given an index file will be written containing atom numbers of all atoms that have a B-factor less than the level given here

-[no]disreno
 Generate a distance restraint matrix for all the atoms in index

-disre_dist real 0.1
 Distance range around the actual distance for generating distance restraints

-disre_frac real 0
 Fraction of distance to be used as interval rather than a fixed distance. If the fraction of the distance that you specify here is less than the distance given in the previous option, that one is used instead.

-disre_up2 real 1
 Distance between upper bound for distance restraints, and the distance at which the force becomes constant (see manual)

-cutoff real -1
 Only generate distance restraints for atoms pairs within cutoff (nm)

-[no]constrno
 Generate a constraint matrix rather than distance restraints. Constraints of type 2 will be generated that do generate exclusions.

SEE ALSO

gromacs(7)

More information about GROMACS is available at <http://www.gromacs.org/>.

Le baiser, comme un bleu au coeur... De là : caresse, espoir qui l'accompagne : être toujours le seul à savoir ce qui va !

La belle parvenue n'ayant su satisfaire ses prières, son jeune parti, en reniant la tendre aimée, il est consolé par sa bonne grâce, mais cependant vit mal, durci et sans pêche, maudissant son péché, maudissant son vit mal durci et sans grâce, mais cependant consolé par sa bonne, la tendre Aimée.

Il est parti, en reniant ses prières, son jeûne, n'ayant su satisfaire la belle -- parvenue à savoir ce qui va être toujours le seul espoir qui l'accompagne au coeur de la caresse : le baiser comme un bleu !

-- Graner, Nicolas