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g_nmeig

Langue: en

Version: 370214 (fedora - 01/12/10)

Section: 1 (Commandes utilisateur)

NAME

g_nmeig - diagonalizes the Hessian

VERSION 4.5

SYNOPSIS

g_nmeig -f hessian.mtx -s topol.tpr -of eigenfreq.xvg -ol eigenval.xvg -v eigenvec.trr -[no]h -[no]version -nice int -xvg enum -[no]m -first int -last int

DESCRIPTION

g_nmeig calculates the eigenvectors/values of a (Hessian) matrix, which can be calculated with mdrun. The eigenvectors are written to a trajectory file ( -v). The structure is written first with t=0. The eigenvectors are written as frames with the eigenvector number as timestamp. The eigenvectors can be analyzed with g_anaeig. An ensemble of structures can be generated from the eigenvectors with g_nmens. When mass weighting is used, the generated eigenvectors will be scaled back to plain cartesian coordinates before generating the output - in this case they will no longer be exactly orthogonal in the standard cartesian norm (But in the mass weighted norm they would be).

FILES

-f hessian.mtx Input
 Hessian matrix 

-s topol.tpr Input
 Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb 

-of eigenfreq.xvg Output
 xvgr/xmgr file 

-ol eigenval.xvg Output
 xvgr/xmgr file 

-v eigenvec.trr Output
 Full precision trajectory: trr trj cpt 

OTHER OPTIONS

-[no]hno
 Print help info and quit

-[no]versionno
 Print version info and quit

-nice int 19
 Set the nicelevel

-xvg enum xmgrace
 xvg plot formatting:  xmgrace xmgr or  none

-[no]myes
 Divide elements of Hessian by product of sqrt(mass) of involved atoms prior to diagonalization. This should be used for 'Normal Modes' analysis

-first int 1
 First eigenvector to write away

-last int 50
 Last eigenvector to write away

SEE ALSO

gromacs(7)

More information about GROMACS is available at <http://www.gromacs.org/>.

Si le serveur avait été payant, il me permettrait de stocker
500 gigas de données, et serait beaucoup plus rapide
étant donné qu'il y aurait toute une équipe de soutien
et de développement derrière. Mais bon... Je suis tout
de même heureux qu'il soit là. Reste à faire en sorte
qu'un couillon n'aille pas voir les sources pour en reprendre
les 3/4 et en faire une version payante, comme Billou.
Je suis aussi au chômage à cause de ces mentalités.
S'il n'y avait pas d'open source, il y aurait alors un projet
et j'aurais donc une chance de me faire engager.
J'aurais donc un travail, et je pourrais alors me payer ce serveur.
Si le serveur était payant, il y aurait déjà une version 50
aujourd'hui et le serveur serait beaucoup plus commercial,
donc simple d'utilisation, avec des logos et images plutot qu'une
simple ligne de commande.
-- Jayce - Avec des «Si...» --