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g_wham_d

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Version: 264976 (debian - 07/07/09)

Section: 1 (Commandes utilisateur)

NAME

g_wham - weighted histogram analysis after umbrella sampling

SYNOPSIS

g_wham -o profile.xvg -hist histo.xvg -[no]h -nice int -[no]w -[no]xvgr -min real -max real -bins int -[no]prof -temp real -[no]flip -tol real

DESCRIPTION

This is an analysis program that implements the Weighted Histogram Analysis Method (WHAM). It is intended to analyze .pdo files generated by mdrun using umbrella sampling tocreate a potential of mean force (PMF). The options are


   -o
     name of the PMF output file


   -hist
  name of the histograms output file


   -min
   minimum coordinate to use


   -max
   maximum coordinate to use

Note: the program will throw out any data that is outside of min - max. The program will output the true min and max after completion, so you can use these values the next time. or you can use:


   -noprof only calculate min and max


   -bins
  number of bins to use in calculation

FILES

-o profile.xvg Output
 xvgr/xmgr file 

-hist histo.xvg Output
 xvgr/xmgr file 

OTHER OPTIONS

-[no]h no
 Print help info and quit

-nice int 0
 Set the nicelevel

-[no]w no
 View output xvg, xpm, eps and pdb files

-[no]xvgr yes
 Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program

-min real 0
 Minimum coordinate in profile

-max real 0
 Maximum coordinate in profile

-bins int 100
 Number of bins in profile

-[no]prof yes
 Only calculate min and max

-temp real 298
 Temperature

-[no]flip no
 Combine halves of profile

-tol real 0.01
 Tolerance

SEE ALSO

gromacs(7)

More information about the GROMACS suite is available in /usr/share/doc/gromacs or at <http://www.gromacs.org/>.

Trois Haïku-ku contre un

Terre ensemencée
De germes de senevé
Etrennes d'été

Parfum lilas blanc
Saison sans souci ni dol
Un grand amour

En toutes saisons,
De circonstance et concis,
Ciblés et concrets
-- Zalmanski, Alain