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bp_fastam9_to_table.pl

Langue: en

Version: 2008-01-11 (mandriva - 01/05/08)

Section: 1 (Commandes utilisateur)

NAME

fastm9_to_table - turn FASTA -m 9 output into NCBI -m 9 tabular output

SYNOPSIS

  fastm9_to_table [-e evaluefilter] [-b bitscorefilter] [--header] [-o outfile] inputfile1 inputfile2 ...
 
 

DESCRIPTION

Comand line options:
  -e/--evalue   evalue    --- filter by evalue
  -b/--bitscore bitscore  --- filter by bitscore
  --header                --- boolean flag to print column header 
  -o/--out                --- optional outputfile to write data, 
                             otherwise will write to STDOUT
  -h/--help               --- show this documentation

Not technically a SearchIO script as this doesn't use any Bioperl components but is a useful and fast. The output is tabular output with the standard NCBI -m9 columns.

  queryname
  hit name
  percent identity
  alignment length
  number mismatches 
  number gaps
  query start  (if on rev-strand start > end)
  query end 
  hit start (if on rev-strand start > end)
  hit end 
  evalue
  bit score
 
 

Additionally 3 more columns are provided
 fasta score
 sw-score
 percent similar
 query length
 hit length
 query gaps
 hit gaps

AUTHOR - Jason Stajich

Jason Stajich jason_at_bioperl-dot-org
Nous possédons un logiciel Antibug 1.0, permettant à n'importe qui de réparer son PC
facilement. Il vous est tout à fait possible de créer un FIX pour un type précis de bug,
laissant alors place à un message simple de quelques lignes, indiquant que c'est votre
société qui a créée le FIX. Ce FIX sera alors diffusé avec tous les autres sur le CDROM
vendu. Votre FIX sera vendu avec tous les autres par nos soins, sans que vous ne touchiez
d'argent sur sa vente, mais vous permettra de faire mieux connaître votre société.
-- Jayce - ... --