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g_nmens

Langue: en

Version: 370436 (fedora - 01/12/10)

Section: 1 (Commandes utilisateur)

NAME

g_nmens - generates an ensemble of structures from the normal modes

VERSION 4.5

SYNOPSIS

g_nmens -v eigenvec.trr -e eigenval.xvg -s topol.tpr -n index.ndx -o ensemble.xtc -[no]h -[no]version -nice int -xvg enum -temp real -seed int -num int -first int -last int

DESCRIPTION

g_nmens generates an ensemble around an average structure in a subspace which is defined by a set of normal modes (eigenvectors). The eigenvectors are assumed to be mass-weighted. The position along each eigenvector is randomly taken from a Gaussian distribution with variance kT/eigenvalue.

By default the starting eigenvector is set to 7, since the first six normal modes are the translational and rotational degrees of freedom.

FILES

-v eigenvec.trr Input
 Full precision trajectory: trr trj cpt 

-e eigenval.xvg Input
 xvgr/xmgr file 

-s topol.tpr Input
 Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb 

-n index.ndx Input, Opt.
 Index file 

-o ensemble.xtc Output
 Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb 

OTHER OPTIONS

-[no]hno
 Print help info and quit

-[no]versionno
 Print version info and quit

-nice int 19
 Set the nicelevel

-xvg enum xmgrace
 xvg plot formatting:  xmgrace xmgr or  none

-temp real 300
 Temperature in Kelvin

-seed int -1
 Random seed, -1 generates a seed from time and pid

-num int 100
 Number of structures to generate

-first int 7
 First eigenvector to use (-1 is select)

-last int -1
 Last eigenvector to use (-1 is till the last)

SEE ALSO

gromacs(7)

More information about GROMACS is available at <http://www.gromacs.org/>.

L'idée que chacun se fait du nombre un, quelle qu'elle soit, doit être
soigneusement distinguée du nombre un, comme les idées de la lune
doivent être distinguées de la lune elle-même.
-+- Gottlob Frege, Les lois de base de l'arithmétique, 1893 -+-