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g_sgangle_d

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Version: 260271 (debian - 07/07/09)

Section: 1 (Commandes utilisateur)

Sommaire

NAME

g_sgangle - computes the angle and distance between two groups

SYNOPSIS

g_sgangle -f traj.xtc -n index.ndx -s topol.tpr -oa sg_angle.xvg -od sg_dist.xvg -od1 sg_dist1.xvg -od2 sg_dist2.xvg -[no]h -nice int -b time -e time -dt time -[no]w -[no]xvgr -[no]pbc -[no]one -[no]z

DESCRIPTION

Compute the angle and distance between two groups. The groups are defined by a number of atoms given in an index file and may be two or three atoms in size. If -one is set, only one group should be specified in the index file and the angle between this group at time 0 and t will be computed. The angles calculated depend on the order in which the atoms are given. Giving for instance 5 6 will rotate the vector 5-6 with 180 degrees compared to giving 6 5.

If three atoms are given, the normal on the plane spanned by those three atoms will be calculated, using the formula P1P2 x P1P3. The cos of the angle is calculated, using the inproduct of the two normalized vectors.

Here is what some of the file options do:

-oa: Angle between the two groups specified in the index file. If a group contains three atoms the normal to the plane defined by those three atoms will be used. If a group contains two atoms, the vector defined by those two atoms will be used.

-od: Distance between two groups. Distance is taken from the center of one group to the center of the other group.

-od1: If one plane and one vector is given, the distances for each of the atoms from the center of the plane is given seperately.

-od2: For two planes this option has no meaning.

FILES

-f traj.xtc Input
Generic trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb

-n index.ndx Input
Index file

-s topol.tpr Input
Generic run input: tpr tpb tpa xml

-oa sg_angle.xvg Output
xvgr/xmgr file

-od sg_dist.xvg Output, Opt.
xvgr/xmgr file

-od1 sg_dist1.xvg Output, Opt.
xvgr/xmgr file

-od2 sg_dist2.xvg Output, Opt.
xvgr/xmgr file

OTHER OPTIONS

-[no]h no
Print help info and quit

-nice int 19
Set the nicelevel

-b time 0
First frame (ps) to read from trajectory

-e time 0
Last frame (ps) to read from trajectory

-dt time 0
Only use frame when t MOD dt = first time (ps)

-[no]w no
View output xvg, xpm, eps and pdb files

-[no]xvgr yes
Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program

-[no]pbc no
Use periodic boundary conditions

-[no]one no
Only one group compute angle between vector at time zero and time t

-[no]z no
Use the Z-axis as reference

gromacs(7)

> Une chose est sure si linux est toujour dans lombre c'est qu'ils ont
> refusé que les grands viennent jouer dans leur court. Le problème avec
> linux c'est que lorsque tu développes une application, t'est obligé de
> livré les sources et tous ça gratuitement. KDE étant opensource et
> étant, je crois, la seul alternative graphique sur linux. Cette état
> de chose oblige les grosses boîtes à livrer leur source(1er problème)
> et ça gratuitement.
>
> Prener l'exemple suivant. Corel, un fleuron canadien y a pas si
> longtemps, avait commencé à développer sous Linux(KDE) et à vendre son
> produit phare
> 700.00\$ US. Bon c'est cher, ça c'est vrai, mais lorsque plus d'un
> millier d'ingénieurs et de codeurs ont élaborés le projet. Faut
> bien que quelqu'un paie la note.
>
> Et qui pourrait bien s'interresser ? un produit de haut niveau
> graphique?. Les graphistes sacrement. Eux ils sont prêt à payer.
>
> Et qui pourrait bien s'interresser à un produit comme Wordperfect ?
> Tous ceux dont leurs travails dépend d'un traitement de texte.
>
> Sérieusement exist-il un produit sur linux qui soit de calibre avec:
> CorelDraw ? La suite Office de Ms Photoshop ? AutoDesk et AutoCad... ?
>
> Mon avertissement et il est sérieux. éloigne toi de ce qui est
> OpenSource. Il se peut que tu es entre les mains un concept de Génie.
>
> - Fait breveté le concept et non un copyright de ton code. Il y tout
> un monde entre les deux. Le copyright empêche qq'un de ce servir de
> ton code à son propre bénifice mais cela ne l'empêche pas de créer
> un code différent et de copier le concept.
>
> Le brevet ça c'est différent. C'est le concept intégral que tu
> protèges pour les vingts prochaines années. Donc si qq'un élabore un
> concept similaire, tu peux l'attaquer en justice pour le
> produit(concept) et non pour le code qu'il renferme. De plus au brevet
> ce n'est pas sur le code mais sur la forme que repose le brevet. Donc
> tu peux te foutre du codre et de l'ouvrir si tu veux.
>
> Mais avant de ne faire quoique ce soit, prend le temps de bien
> réfléchir.
>
> Il existe un produit qui à créé un emgoument certaint dans la
> communauté de Palm. C'est "Falch.net Developer Studio". Au fil des
> bêta, gratuite, le gars à su fideliser une grosse clientèle.
> Aujourd'hui son produit est au point et il le vend à prix d'or. 99.00\$
> US pour la personelle et 350.00\$ US pour la > suite professionnel.
> C'est le meilleur produit sur le marché actuelement pour programmer
> sur un Palm. Sont idé de base a été d'élaborer un produit similaire à
> Visual Studio. Alors comme des milliers de programmeurs programment
> avec Visual Studio (VC++, VB, VFP), quoi de plus naturel que de
> travailler avec Falch. Je vous jure que ça prend des mois à s'habituer
> à Code Warrior. Code Warrior est au monde d'Apple ce que VC++ et
> Borland C++ est au monde de Windows. Falch est le VC++ de Palm.
>
> Donc au lieu du OpenSource. Fait breveter ton produit aux Etats Unis.
> Je vois mal un européen copier et vendre ton concept en europe. Je
> crois qu'il y a des entente à ce niveau. Mais bon vérifie sur ce point
> et agit en conséquence.
>
> Après le brevet et seulement si tu as le brevet, fait faire un
> copyright du code que renferme ton produit. Là c'est plus "touché",
> s'il y a des bouts de codes copiés, ben oubli le copyrigth.
>
> Prend des entententes avec les gens qui veulent dévellopper avec toi.
> Tu vends les produits et la rénumération ce fait au prorata. Donc si
> qq'un écrit 100 lignes de codes dans une application qui en contient
> 10000 bien il touchera 100/1000 des profits générés. Comme ça chaqu'un
> recoit la juste part pour la contribution apporté.
>
> Les mageures pour gagner la partie.
>
> Un traitement de texte de qualité Un tableur de qualité Un agenda de
> qualité Un programme d'envoie et réception de fax. Une messagerie
> efficace en Intranet et et Internet. Un exploreur pour le Web.
>
> Et le plus important, permettre aux mageures comme IBM, COREL et
> toutes autres société de grande envergure s'installer sur ta
> plateforme sans avoir de compte à te rendre. En cela pour les
> applicatifs et non pour les plateformes de d?veloppements.
>
> C'est tout. Bye Eddy Maue.
>
> En passant l'opensource c'est pour les pauves et les étudiants non pas
> besoins de revenu pour vivre.
-- Fan de Jayce - Heureusement que je passais par là --