Rechercher une page de manuel

Chercher une autre page de manuel:

tpbconv_d

Langue: en

Autres versions - même langue

Version: 313206 (ubuntu - 07/07/09)

Section: 1 (Commandes utilisateur)

NAME

tpbconv - makes a run input file for restarting a crashed run

VERSION 4.0.1

SYNOPSIS

tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -n index.ndx -o tpxout.tpr -[no]h -nice int -nsteps int -runtime real -time real -extend real -until real -[no]zeroq -[no]cont

DESCRIPTION

tpbconv can edit run input files in four ways.

1st. by modifying the number of steps in a run input file with option -nsteps or option -runtime.

2st. (OBSOLETE) by creating a run input file for a continuation run when your simulation has crashed due to e.g. a full disk, or by making a continuation run input file. This option is obsolete, since mdrun now writes and reads checkpoint files. Note that a frame with coordinates and velocities is needed. When pressure and/or Nose-Hoover temperature coupling is used an energy file can be supplied to get an exact continuation of the original run.

3nd. by creating a tpx file for a subset of your original tpx file, which is useful when you want to remove the solvent from your tpx file, or when you want to make e.g. a pure Ca tpx file. WARNING: this tpx file is not fully functional. 4rd. by setting the charges of a specified group to zero. This is useful when doing free energy estimates using the LIE (Linear Interaction Energy) method.

FILES

-s topol.tpr Input
 Run input file: tpr tpb tpa 

-f traj.trr Input, Opt.
 Full precision trajectory: trr trj cpt 

-e ener.edr Input, Opt.
 Energy file: edr ene 

-n index.ndx Input, Opt.
 Index file 

-o tpxout.tpr Output
 Run input file: tpr tpb tpa 

OTHER OPTIONS

-[no]hno
 Print help info and quit

-nice int 0
 Set the nicelevel

-nsteps int -1
 Change the number of steps

-runtime real -1
 Set the run time (ps)

-time real -1
 Continue from frame at this time (ps) instead of the last frame

-extend real 0
 Extend runtime by this amount (ps)

-until real 0
 Extend runtime until this ending time (ps)

-[no]zeroqno
 Set the charges of a group (from the index) to zero

-[no]contyes
 For exact continuation, the constraints should not be solved before the first step

SEE ALSO

gromacs(7)

More information about GROMACS is available at <http://www.gromacs.org/>.

À chaque page de la Bible nous trouvons la rapine, la trahison, la
rébellion, la fraude, l'usurpation, les violations les plus manifestes
du droit de la nature et des gens autorisées et commandées aux Hébreux
par la Divinité ou par ses interprètes. Les annales des juifs nous
montrent comme des amis de Dieu, comme des hommes selon son coeur,
comme des Héros et des Saints, une foule de personnages que la saine
morale nous ferait regarder comme des monstres souillés des cruautés
les plus révoltantes et des crimes les plus affreux.
-+- Paul D'Holbach -+-