Rechercher une page de manuel

Chercher une autre page de manuel:

trjorder_d

Langue: en

Autres versions - même langue

Version: 313393 (ubuntu - 07/07/09)

Section: 1 (Commandes utilisateur)

NAME

trjorder - orders molecules according to their distance to a group

VERSION 4.0.1

SYNOPSIS

trjorder -f traj.xtc -s topol.tpr -n index.ndx -o ordered.xtc -nshell nshell.xvg -[no]h -nice int -b time -e time -dt time -[no]xvgr -na int -da int -[no]com -r real

DESCRIPTION

trjorder orders molecules according to the smallest distance to atoms in a reference group. It will ask for a group of reference atoms and a group of molecules. For each frame of the trajectory the selected molecules will be reordered according to the shortest distance between atom number -da in the molecule and all the atoms in the reference group. All atoms in the trajectory are written to the output trajectory.

trjorder can be useful for e.g. analyzing the n waters closest to a protein. In that case the reference group would be the protein and the group of molecules would consist of all the water atoms. When an index group of the first n waters is made, the ordered trajectory can be used with any Gromacs program to analyze the n closest waters.

If the output file is a pdb file, the distance to the reference target will be stored in the B-factor field in order to color with e.g. rasmol.

With option -nshell the number of molecules within a shell of radius -r around the refernce group are printed.

FILES

-f traj.xtc Input
 Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt 

-s topol.tpr Input
 Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb 

-n index.ndx Input, Opt.
 Index file 

-o ordered.xtc Output, Opt.
 Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb 

-nshell nshell.xvg Output, Opt.
 xvgr/xmgr file 

OTHER OPTIONS

-[no]hno
 Print help info and quit

-nice int 19
 Set the nicelevel

-b time 0
 First frame (ps) to read from trajectory

-e time 0
 Last frame (ps) to read from trajectory

-dt time 0
 Only use frame when t MOD dt = first time (ps)

-[no]xvgryes
 Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program

-na int 3
 Number of atoms in a molecule

-da int 1
 Atom used for the distance calculation

-[no]comno
 Use the distance to the center of mass of the reference group

-r real 0
 Cutoff used for the distance calculation when computing the number of molecules in a shell around e.g. a protein

SEE ALSO

gromacs(7)

More information about GROMACS is available at <http://www.gromacs.org/>.

La serge s'assouvit biais rebelle au drap d'huicre
Gracile ou étirée affecte un coupon klèple
Seul axe où déplier Queneau glissant la guêple
Ce phosphorant drapier du col qu'on rajusticre

Son signe d'être foi cesse avant l'accès d'Huycre
Morne gris maquillant anse et bois d'éthélèple
Sourd mais noir étanché il réagit ou vèple
Sans qu'un périlleux vers sût éplorer l'énicre

Sourd ton sol sec ! hourra sous ta gangue à mortagle
Parle et passe et figé voile ce qu'il énagle
Menons l'Azur au vol, la houle hommage au prodre

Toute ombre passe mieux du pont au plat assousme
Lisse belle hélice oh ! plonge droit dedans l'Odre
Mallarmé mit au fil d'aucun hymne nul ptousme
-- Rapilly, Robert